Um programa abrangente de monitoramento ambiental de salas limpas deve incluir o monitoramento rotineiro tanto de partículas viáveis como não viáveis. Embora não haja exigência para a identificação bacteriana de todos os contaminantes presentes nestes ambientes controlados, um programa de controle ambiental deve incluir um nível apropriado de identificação de bactérias obtidas a partir de amostragem. Há vários métodos de identificação bacteriana disponíveis.

A primeira etapa para uma correta identificação bacteriana, especialmente em relação a um isolado de sala limpa, é a coloração de Gram, uma vez que ela pode fornecer pistas elucidativas sobre a fonte da contaminação microbiana. Se a identificação bacteriana dos isolados revelar cocos Gram positivos, a fonte de contaminação pode ser derivada do pessoal. Se a identificação bacteriana dos isolados revelar bacilos Gram positivos, a fonte de contaminação pode ser derivada de poeira ou cepas resistentes a desinfetantes. Se a identificação bacteriana dos isolados revelar bacilos Gram negativos, a fonte de contaminação pode ser derivada da água ou qualquer superfície úmida.

A identificação bacteriana em salas limpas farmacêuticas é exigida por diversas razões associadas à garantia da qualidade: determinação de microrganismos do ambiente de manufatura; identificação bacteriana na análise do produto final; demonstrar ausência de certos microrganismos em produtos não estéreis e água; controle de qualidade de estoques de fermentação em biotecnologia; confirmação de microrganismos-teste em processos de validação. Cada vez mais a Food and Drug Administration (FDA) espera que a identificação bacteriana possa ajudar na determinação da microbiota usual de uma planta específica, para avaliar a eficiência da limpeza e investigar a fonte de contaminação, requerida quando limites de ação corretiva são excedidos ou testes de esterilidade se tornam contaminados.